PCKは、システムや他のプログラムに悪影響を及ぼさないように細心の注意を払って作られていますが、実行する処理の性質上、どうしても避けられない障害があります。たとえば、PCKのフロントエンドから無限ループを起こすようなPerlスクリプトを実行した場合、Perlは無限ループを起こします。PCKのPerlフロントエンドは、自分が実行したPerlコマンド行が無限ループを起こしても何の影響も受けませんが、終了できないperl.exe自体はメモリにいつまでも残ります。このようなことが繰り返されると、システムやほかのアプリケーションが使えるメモリの容量が減り、システムの挙動がおかしくなることがあります。
このような問題が起きたかどうかは簡単に見分けられます。「設定」ダイアログボックスで「標準出力のためにエディタを起動しない」をチェックしていないフロントエンドで「実行」ボタンを押したのに、いつまでたってもテキストエディタが起動されない場合には、コマンド行プログラムが暴走している可能性が考えられます（逆に、フロントエンドで「標準出力のためにエディタを起動しない」を選択する場合には、コマンド行プログラムの暴走が簡単にはわからないということを意識してください）。
このように暴走してしまったコマンド行プログラムは、タスクマネージャを使って終了することができます。タスクマネージャは、画面最下部のタスクバーを右クリックして「タスクマネージャ」を選択する、[Ctrl-Alt-Delete]キーを押すなどの方法でオープンできます。リストのなかから問題を起こしているプログラムを選択し、「アプリケーションの終了」ボタンを押せば、そのプログラムは終了されます。しかし、このときに表示されるメッセージにも書かれているように、この方法でプログラムを終了することによってシステムが不安定になる場合もあります。最悪の場合にはシステムのリセットが必要になります。